W 386 cesarz Teodozjusz zlecił wyburzenie pierwotnego kościoła i rozpoczął budowę znacznie większej bazyliki. Według napisu na łuku triumfalnym, bazylika została konsekrowana w 390 roku przez papieża Syrycjusza, a ukończono ją w 395 roku za panowania cesarza Honoriusza. Chociaż znacznie odnowiona, obecna bazylika wygląda tak samo jak to miało miejsce w IV wieku.
Co warto zobaczyć?
Główne drzwi wykonane z brązu inkrustowane srebrem pochodzą z 1929-1931 i zostały wykonane przez Antonio Maraini, stare drzwi zostały uszkodzone w pożarze w 1823 roku. Oryginalnie drzwi były prezentem od papieża Grzegorza VII z 1070 roku i zostały wykonane z tych samych materiałów. Płaskorzeźby na drzwiach pokazują sceny z życia świętych Piotra i Pawła.
Jedyną pozostałością średniowiecznej bazyliki jest XIII-wieczna mozaika na apsydzie, stworzona przez weneckich artystów. Mozaika przedstawia Chrystusa otoczonego apostołami: Piotrem, Pawłem, Andrzejem i Łukaszem.
Jednym z najważniejszych dzieł bazyliki jest XII-wieczny świecznik stworzony przez Vassalletto, który jest także autorem niezwykłych krużganków.
Ponadto godnym uwagi jest baldachim (bogato haftowana tkanina z jedwabiu i złota) projektu Arnolfa di Cambio, z 1285roku, który jest jednym z tych zabytków oszczędzonych przez ogień.